在使用EFS加密一个文件或文件夹时，系统首先会生成一个由伪随机数组成的FEK(File Encryption Key，文件加密钥匙)，然后将利用FEK和数据扩展标准X算法创建加密后的文件，并把它存储到硬盘上，同时删除未加密的原始文件。随后系统利用你的公钥加密FEK，并把加密后的FEK存储在同一个加密文件中。而在访问被加密的文件时，系统首先利用当前用户的私钥解密FEK，然后利用FEK解密出文件。在首次使用EFS时，如果用户还没有公钥/私钥对(统称为密钥)，则会首先生成密钥，然后加密数据。如果你登录到了域环境中，绿色密钥的生成依赖于域控制器，否则依赖于本地机器。

EFS加密系统对用户是透明的。这也就是说，如果你加密了一些数据，那么你对这些数据的访问将是完全允许的，并不会受到任何限制，而其他非授权用户试图访问加密过的数据时，就会收到“访问拒绝”的错误提示。EFS加密的用户验证过程是在登录Windows时进行的，只要登录到Windows，就可以打开任何一个被授权的加密文件。

注意：EFS加密只适合NTFS的文件系统。